Doğu Roma İmparatorluğu tarafından 12. yüzyılda inşa edildiği kestirim edilen “Enez Ayasofyası” olarak da bilinen yapı, Fatih Sultan Mehmet’in 1456’da Taşoz, Limni, Semadirek adalarının yanı sıra Cenevizliler’e ilişkin Enez’i fethetmesi sonrası mescide dönüştürüldü.

Yapının güneydoğusunda mihrap, batısında minber yapıldı, dış tarafına da kesme taştan minare inşa edildi. İmalata başlamadan evvel caminin harim kısmında yerde bulunan ve numaralandırılarak çıkarılan özgün döşeme taşları da yerlerine döşendi. Geri kalan açık yerlerde de yeni mermerler kullanılarak döşeme yapıldı.

Vakıflar Genel Müdürlüğü camiyi onarım 2015 yılında programına aldı. Edirne ​Vakıflar Bölge Müdürlüğünün yürütüğü onarım kapsamında bilgi teşkil etmesi için sonik, sismik testlerin yanı sıra, lazer tarama, materyal tahlilleri ve dönemlemeleri yaptırarak, ayrıntılı araştırmalar yürütüldü.

Caminin rekonstrüksiyona dayalı onarım projesi Edirne Kültür Varlıklarını Müdaf Bölge Şurası tarafından onaylanması sonrası onarım çalışmalarına 2016 yılında başlandı. Caminin, 1. derece arkeolojik sit alanı olan Enez Kalesi içerisinde yer alması nedeniyle çalışmalar büyük bir titizlikle yürütüldü.

Onarımın başında caminin temellerini açılarak güçlendirildi. Temel enjeksiyonlarından sonra sağlam vücut duvarlarından başlamak üzere inşa çalışmalarına başlandı.

Caminin tavanı ve kubbesi büsbütün kapatıldı. Ayrıyeten caminin içerisindeki ısıtma ve soğutma sistemleri kuruldu, tabanın mermer döşemesi yapıldı.

İmalata başlamadan evvel caminin harim kısmında yerde bulunan ve numaralandırılarak çıkarılan özgün döşeme taşları da yerlerine döşendi. Geri kalan açık yerlerde de yeni mermerler kullanılarak döşeme yapıldı.

Caminin etrafında yıllar içerisinde oluşan toprak makus da temizlendi.

1965 yılından bu yana 56 yıldır kapalı olan caminin vakfiyesine uygun biçimde eylül ayında hem ibadete hem de ziyarete açılması planlanıyor.